En 1993, el último año del Mustang III, la incipiente división de alto rendimiento SVT (Special Vehicle Team) dio una campanada con la variante SVT Cobra que además de algunos detalles estéticos sutiles presentaba mejoras en desempeño. El V8 de 5.0L erogaba 235 hp y 280 lb-pie de torque suficientes para hacer menos de 13 segundos en el cuarto de milla. Una edición de competencias limitada a solamente 107 unidades todas ellas vendidas antes del inicio de producción también fue liberada, esta variante exclusiva denominada Cobra R aunque ofrecía el mismo motor del Cobra, equipaba frenos más grandes, amortiguadores y resortes Koni, enfriador para aceite y dirección, al tiempo que eliminaba la banca posterior.
